Se svým o rok starším manželem, hercem Josefem Dvořákem se Jája Dvořáková seznámila na začátku 80. let během natáčení seriálu Rozpaky kuchaře Svatopluka. V roce 1990 pak spolu založili Divadelní společnost Josefa Dvořáka, kterou společně vedou. V roce 1991 se vzali.
Z předchozího vztahu má Jája Dvořáková dceru Markétu. S Josefem Dvořákem pak dceru Terezu. Zajímavostí manželství Dvořákových je, že se brali hned dvakrát. Jednou se rozvedli kvůli Dvořákově milence Aleně, jež později zemřela po autonehodě v nemocnici. Poté se k sobě vrátili.