Marie Knížáková již byla v minulosti jednou vdaná. V roce 1959 si vzala Jana Saudka, se kterým počala syny Samuela a Davida. Milan Knížák s ní poté její syny vychovával. Dokonce se Knížák stal terčem kritiky poté, co zakoupil díla Davida Saudka pro Národní galerii v době, kdy ji vedl.
Společně s manželem velmi otevřeně sympatizují s bývalým prezidentem Václavem Klausem.
Vztah manželů Knížákových se zdá být velmi idylický. Marie Knížáková se manžela vždy horlivě zastávala a dokonce v jednom rozhovoru pronesla: "Můj manžel, i kdyby byl metař, tak mu lidi budou vyčítat vajgla. A přitom když ho potkají, tak by se mu měli klanět!"
Na jaře roku 2014 prosákla do mediálního světa informace, že má bývalý ředitel Národní galerie milenku. Mělo by se jednat o jednu z jeho studentek v ateliéru AVU. Jak moc je informace pravdivá zatím nikdo nepotvrdil.