Už na střední škole začal Štěpán Vrána chodit s dcerou hudebníka Michaela Kocába a tanečnice Marshy Kocábové, Natálií Kocábovou. Záhy spolu měli prvního dítě, syna Vincenta.
Se zpěvačkou a spisovatelkou Natálií Kocábovou se architekt Štěpán Vrána oženil roku 2011 v Thajsku. V dubnu 2012 mu manželka porodila dceru Miu. Vztah páru se definitivně rozpadl roku 2015.