Jan Fischer vystudoval statistiku na Národohospodářské fakultě VŠE. Se statistikou také spojil svoji kariéru. Po škole nastoupil ve Výzkumném ústavu sociálně ekonomických informací, který se v 90. letech stal Českým statistickým úřadem. A Jan Fischer to dotáhl až na předsedu ČSÚ. Tam působil až do května 2009.
Po pádu vlády Mirka Topolánka byl Jan Fischer předsedou úřednické vlády (květen 2009 až červenec 2010), pak působil jako viceprezident Evropské banky pro obnovu a rozvoj v Londýně, a to až do roku 2012, kdy se rozhodl kandidovat na prezidenta ČR v historicky první přímé volbě. Ač mu předvolební průzkumy dávaly veliké šance (mnoho měsíců je dokonce vedl), nakonec skončil s 16,4 procenty hlasů třetí (prezidentem se stal Miloš Zeman). V červenci 2013 se stal Jan Fischer ministrem financí a místopředsedou úřednické vlády Jiřího Rusnoka, ve funkci působil do ledna 2014.
Jan Fischer pochází po otci z židovské rodiny (matematik Otto Fischer za druhé světové války prošel Terezínem i Osvětimí, z celé rodiny přežil holokaust pouze on a jeho matka), což v roce 2010 necitlivě připomněl Mirek Topolánek a byl to konec jeho politické kariéry (v rozhovoru pro časopis Lui označil Jana Fischera za „Žida, který kvůli svému charakteru uhne“).
Během prezidentské kampaně kritici vyčítali Janu Fischerovi, že z kariérních důvodů vstoupil v 80. letech do KSČ a později to tajil. Jan Fischer se hájil, že informaci nikdy netajil, fakt ale byl, že v jeho oficiálních, veřejně dostupných životopisech se tato informace neobjevila.
Jan Fischer je podruhé ženatý. V roce 1975 si vzal Ivanou Janeckou, která pracovala jako dětská sestra. Z tohoto manželství má syna Jakuba (narozen 1978, je docentem ekonomické statistiky a prorektorem VŠE) a dceru Kateřinu Drbohlavovou (narozena 1980, pracovala ve vzdělávací společnosti Scio). Roku 1987 se Jan Fischer rozvedl a vzal si svoji bývalou asistentku Danielu Ulrichovou. Mají syna Jana (narozen 1989).