O jedenáct let dříve si z mistrovství Evropy do jednadvaceti let odvezl stříbro. S A mužstvem české reprezentace vybojoval na evropském šampionátu v roce 2004 bronz. Za národní tým odkopal osmasedmdesát utkání, vsítil jedenáct míčů. Jedenkrát vyhrál českou anketu Fotbalista roku. Koncem prosince 2012 kariéru kvůli zraněním ukončil. Fotbal teď už jen komentuje.
Příjmení má po makedonském otci Pando Jankulovském, který do Česka emigroval z bývalé Jugoslávie.
Marek Jankulovski má s manželkou Janou dcery Kristýnu a Karolínu. Ta si údajně byla blízká s rapperem, baníkovcem Danielem Čechem, který nečekaně zemřel v září 2016 ve svých 19 letech.