Otcem Matěje Matušky je Miroslav Matuška, kterého legendární zpěvák Waldemar Matuška zplodil se svojí první ženou Jiřinou Šťástkovou (Waldemar byl třikrát ženatý).
Zvukař Matěj Matuška žil s výtvarnicí Danielou Horáčkou, mají spolu dceru, ale po několika letech je opustil, neboť se zamiloval do herečky Jany Strykové. V roce 2013 začali plánovat svatbu a v březnu 2014 se jim narodil syn Jáchym, pravnuk Waldemara Matušky.