V klubu Chemlon Humenné v rodném Humenném na východním Slovensku Marián Čišovský prošel mládeží. Svou kariéru v A Týmu rozjel až v Interu Bratislava, kde hrál v letech 1999 až 2004 a stal se dvojnásobným mistrem ligy i poháru. Následně strávil dva roky v klubech MŠK Žilina a FC Artmedia Petržalka.
O MARIÁNU ČIŠOVSKÉM ČTĚTE ZDE>>
Marián Čišovský si zvolil jako své první zahraniční angažmá rumunský klub FC Temešvár, kam přestoupil v roce 2008. V Rumunsku vydržel do roku 2011 a poté se přesunul do týmu českého mistra FC Viktorie Plzeň vedeného Pavlem Vrbou. S Plzní v sezoně 2011 až 2012 vybojoval 3. místo v lize a následující rok slavila Plzeň titul. V Plzni se vypracoval mezi nejlépe střílející obránce.
Reprezentoval Slovensko již v mládežnických výběrech. V roce 2000 byl Marián Čišovský členem týmu U21, jenž obsadil na domácím Mistrovství Evropy ve fotbale hráčů do 21 let 4. místo. V seniorském A Týmu mimo jiné 14. listopadu 2012 odehrál přátelský zápas s Českou republikou v Olomouci, kde nastoupil proti svým spoluhráčům z klubu Vladimírovi Daridovi a Davidovi Limberskému.
Obránce Marián Čišovský zemřel 28. června 2020.