Luděk Pernica se narodil 16. června 1990 v Boskovicích. Svoji fotbalovou kariéru začal v ASK Blansko, odkud ještě jako dorostenec přestoupil v roce 2000 do 1. FC Brno. O 9 let později se v mužstvu propracoval do seniorské kategorie, kde hrál za B Tým. Na jaře 2010 odehrál první utkání za A Tým. Kde nastupoval po boku Petra Švancary nebo Pavla Zavadila.
Luděk Pernica jakožto brněnský odchovanec před sezonou 2014/15 přestoupil do FK Baumit Jablonec, kde podepsal tříletý kontrakt. Tam působí v základní sestavě vedle hráčů jako Tomáš Jun, José Antonio Romera nebo Tomáš Hübschman. Odehrál jeden poločas v dresu české reprezentace do 20 let v přátelském utkání 27. dubna 2011 proti Slovensku.