Štěpán Vachoušek se narodil 26. července 1979 v Duchcově. S fotbalem začínal v klubu Lokomotiva Bílina, kde jeho babička dělala správcovou hřiště. Už v roce 1990 zamířil do Teplic, kde se přes mládežnické výběry dostal v roce 1997 do A Týmu. Tam ale nevydržel dlouho. V letech 1998-2001 byl na hostování v klubech 1. FC Česká Lípa, Xaverov a Blšany. Následovala sezona 2001/02 v Teplicích a nejdražší přestup historie.
Štěpán Vachoušek přestoupil před sezonou 2002/03 do pražské Slavie za sumu 35 milionů korun, což je nejdražší přestup v historii nejvyšší české soutěže. Přes Slavii se na rok dostal do Olympique Marseille, kde se mu ale příliš nedařilo. V letech 2004-2008 nastupoval za Austrii Vídeň, po konci v Rakousku se vrátil do mateřských Teplic, kde vedle něj tvoří zálohu Admir Ljevakovič nebo Franci Litsingi. Dne 25. května 2014 se v duelu Teplic proti Baníku Ostrava (0:0) vážně zranil (přetržená Achillova šlacha) a hrozí mu až rok bez fotbalu.
Štěpán Vachoušek v minulosti startoval za mládežnické reprezentace i tu seniorskou. Byl v týmu mistrů Evropy do 21 let v roce 2002 a bronzových borců kolem Pavla Nedvěda, Milana Baroše nebo Petra Čecha z Euro 2004. Je ženatý a má tři kluky.