Svatopluk Němeček vystudoval všeobecné lékařství na Lékařské fakultě Univerzity Palackého v Olomouci (získal titul MUDr.). V postgraduálním studiu získal v roce 1999 atestaci 1. stupně z vnitřního lékařství. Vzdělání si pak rozšířil, když v letech 2003 až 2005 absolvoval obor management se zaměřením na zdravotnictví na Brno International Business School (získal titul MBA).
Od roku 1996 pracoval na interním oddělení v Bohumínské městské nemocnici, kterou také od roku 2002 řídil. V roce 2005 se stal ředitelem FN Ostrava.
Svatopluk Němeček je ženatý. Jeho manželka Zdenka Crkvenjaš je popáleninovou chirurgyní která je známá mimo jiné tím, že operovala Natálii Kudrikovou po žhářském útoku ve Vítkově.
V únoru 2014 byl Svatopluk Němeček v médiích obviněn Andrejem Babišem ze závažných pochybení při správě cizího majetku nákupem předraženého přístroje CyberKnife. Přístroj dle zveřejněných informací pořídila Fakultní nemocnice v Ostravě za dvakrát až třikrát vyšší cenu, než v okolních státech.