Po oboru management mezinárodního podnikání na Fakultě ekonomie a podnikání Panevropské vysoké školy v Bratislavě Jan Hrnčíř absolvoval obor etika na Vysoké škole mezinárodního podnikání v Prešově.
Roku 2007 se Jan Hrnčíř stal jednatelem své firmy Česká informatika a sedm let nato začal řídit vlastní Institut terciárního vzdělávání. Kromě toho vyučuje na vysokých školách.
Do komunální politiky se tehdejší člen TOP 09 Jan Hrnčíř neúspěšně pokusil vkročit ve volbách 2010, stejně jako ve volbách 2014, kdy se o post blanenského zastupitele ucházel jako nestraníkovi za hnutí Úsvit. Téhož roku nezískal ani křeslo v Evropském parlamentu. Do hnutí SPD vstoupil roku 2015.
Coby lídr subjektu Koalice Svoboda a přímá demokracie - Tomio Okamura (SPD) a Strana Práv Občanů se Jan Hrnčíř stal ve volbách 2016 zastupitelem Jihomoravského kraje, v parlamentních volbách 2017 poslancem za hnutí SPD a následně v komunálních volbách 2018 usedl i do Zastupitelstva města Blansko.
Ve volbách do Evropského parlamentu 2019 zaujal druhou příčku za Ivanem Davidem, lídrem kandidátky SPD. Zvolen nebyl. Do voleb 2020 Jana Hrnčíře hnutí vyslalo zabojovat o křeslo hejtmana Jihomoravského kraje, což se mu nepodařilo.
V parlamentních volbách 2021 Jan Hrnčíř obhájil post v dolní komoře.
Jan Hrnčíř má dcery Natálii a Sofii.