S hokejem Michal Šafařík začínal v rodném Vsetíně. Na lapači prošel všemi mládežnickými kategoriemi.
V hokejovém Vsetíně se propracoval do A-týmu. Klub na konci 90. let 20. století a na přelomu tisíciletí válcoval extraligu a získal šest titulů. Za zlaté éry valašský tým, když v něm Michal Šafařík bránil, prošel čtyřmi mistrovskými sezonami, v nichž získal dva tituly.
Poprvé Michal Šafařík hrál extraligu v sezoně 1996/1997. Největší prostor na ledě dostal v ročníku 2001/2002, v němž zaznamenal 37 startů.
Poté Michal Šafařík nastupoval v nejvyšší soutěži ještě za Plzeň a Zlín. Nejvíce času strávil v první lize, a to především v Olomouci, kde se později stal i kapitánem. Na konci kariéry se vrátil do Vsetína, kde hrál za tamní céčko.
Bývalý hokejový obránce Michal Šafařík zemřel 19. listopadu 2020. Osudnou se mu stala autonehoda, k níž došlo v Horní Jasence, která je součástí Vsetína. Sportovec byl na místě mrtev.