Nejprve Jan Malý působil jako přednosta I. Interní výzkumné základy IKEM, posléze jako zástupce ředitele IKEM a v letech 207 až 2011 coby jeho šéf. S prací v IKEM se rozloučil v pozici vedoucího pracoviště tamních odborných ambulancí.
Odborník Jan Malý byl všestranně vzdělaný internista-nefrolog, který se zaměřoval na metabolismus kyseliny močové. O jeho medicínské a vědecké odbornosti ostatně svědčí tisíce úspěšně léčených pacientů a řada skvělých publikací. Byl výtečným organizátorem a osvědčil se i jako manažer ve vedoucích funkcích.
Docent Jan Malý byl vynikající lékař, manažer, ředitel, především ale člověk, který díky své profesionalitě, erudici a znalostem dokázal nejenom pomoci pacientům, ale posouval celým IKEM stále na další, lepší úroveň. Takto svého předchůdce charakterizoval šéf IKEM Michal Stiborek.
Jan Malý zemřel 31. srpna 2021. Bylo mu 78 let.