S Duchkovou žije podnikatel Jan Hruška. Vychovávají dvojčata Adama a Jana narozená v roce 2009. Předtím žila Duchková se švýcarským byznysmenem Jiřím Ostafijczukem. Rozvedli se v roce 2005.
Jako hvězda Tv Prima patřila Štěpánka Duchková i mezi vyhledávané celebrity. V roce 2013 se rozhodla podstoupit nenáročný, patnáct minut trvající zákrok plastických chirurgů, který ji odstranil vrásky z čela. Zvolila botulotoxinové injekce. „Došlo to tak daleko, že i když jsem se usmívala, tak jsem se zároveň mračila. Rozčilovalo mě to, tak jsem se s tím rozhodla zatočit,“ řekla po omlazovacím zákroku Štěpánka Duchková.
S přítelem Janem Hruškou a dětmi žije Štěpánka Duchková v secesní vile za Prahou.