Václav Pačes studoval na Přírodovědecké fakultě UK a kromě své vědecké odborné práce byl v letech 2005-2009 předsedou Akademie věd České republiky.
Václav Pačes založil jednu z prvních pracovních skupin, které přečetly úplnou dědičnou informaci nějakého organizmu (1986). Objevil enzym zapojený do katabolizmu rostlinného hormonu cytokininu. Věnoval se struktuře genomů, publikoval více než 100 původních prací a podílel se na 5 knihách. Výsledky jeho práce jsou využitelné zejména v medicíně. Díky popularizaci oboru v médiích je Václav Pačes často na očích veřejnosti.
Pracovní pobyty zavedly Václava Pačese do USA, Španělska, Kanady, Anglie a Japonska. Na Vysoké škole chemicko-technologické v Praze přednáší molekulární genetiku a genové inženýrství. V roce 2012 zde získal čestný doktorát.
Václav Pačes předsedal komisi pro posouzení energetického zabezpečení ČR, je členem představenstva a dozorčí rady ČEZ, a to bez napojení na politiky (jak sám zdůrazňuje).
Mezi jeho známé názory patří ten, že není zapotřebí prezidenta. A mezi záliby Václava Pačese od dětství patří skauting.
S manželkou Magdalenou, geoložkou, vychoval 2 syny.