Po absolvování DAMU Jan Novotný působil v Západočeském divadle v Chebu, dále pak v Klicperově divadle v Hradci Králové a na pražských scénách: v Divadle S. K. Neumanna, Realistickém divadle Zdeňka Nejedlého a v Divadle Na zábradlí. Roku 1993 se stal členem Činohry Národního divadla.
JAN NOVOTNÝ - JAK SE TOPIL V KALUŽI KRVE
Ve Strašnickém divadle působil Jan Novotný i jako režisér, stejně tak v Divadle komedie (hry Maryša, Divoké maso, Naše třída). V období 2000 až 2012 byl také pedagogem na Pražské konzervatoři.
Na svém kontě má Jan Novotný role v řadě filmů, seriálů, televizních či rozhlasových inscenací a též množství postav, jimž jako žádaný dabér propůjčil svůj hlas. Na filmovém plátně debutoval v psychologickém snímku Jaroslava Balíka Zrcadlení (1977), kde hráli Jana Hlaváčová, Luděk Munzar, Věra Galatíková či Dagmar Veškrnová. Jan Novotný ztvárnil postavy mj. ve filmech Pěsti ve tmě, Swingtime, Rodina je základ státu, Pan Pozdě, Ve stínu.
Televizní diváci si na Jana Novotného vzpomenou ze seriálů Muž v pozadí, Četnické humoresky, Černí andělé, Ordinace v růžové zahradě, České století, Život a doba soudce A. K., Případy 1. oddělení, Mamon, Ohnivý kuře, Temný kraj s Lukášem Vaculíkem v hlavní roli či ze série České televize Bohéma.
Manželkou Jana Novotného je Markéta Vosková, dcera slavného českého herce Václava Vosky.