V roce Sametové revoluce Jiří Soukup absolvoval filmovou dramaturgii a scenáristiku na pražské FAMU. Poté na katedře scenáristiky a dramaturgie působil jako pedagog. Dále byl redaktorem české prózy a dramaturg v českých filmových studiích. Občas i sám publikoval vlastní prózu a poezii.
Jiří Soukup napsal scénář dramatu Vojtěch, řečený sirotek (1989). Jde o příběh zasazený do roku 1946 o mladém muži, jehož ztvárnil Petr Forman, neschopném se přizpůsobit vztahům a zvyklostem venkovského společenství, který bojuje s celým světem.
Dále je Jiří Soukup spoluautorem scénářů dramat Cesta pustým lesem (1997) a Sentiment (2003). S režisérem, scenáristou a producentem Václavem Kadrnkou pracoval na jeho celovečerním debutu Osmdesát dopisů (2010).
Jiří Soukup se podílel též na scénáři druhého filmu Václava Kadrnky, historickém dramatu Křižáček (2017), který byl inspirován epickou básní Jaroslava Vrchlického zasazenou do doby vrcholného středověku. Snímek získal devět nominací na Českého lva, mj. také za scénář.