S fotbalem Pavel Pergl začínal v šesti letech v klubu ČKD Kompresory. O čtyři roky později se přesunul do Sparty. Dospělou kariéru odstartoval v Děčíně, odkud se přes Blšany dostal až do Drnovic, kde začal sbírat první prvoligové ostruhy.
PAVEL PERGL - ROZHOVOR NAJDETE ZDE>>
V sezoně 2002/2003 Pavel Pergl oblékal dres Příbrami, odkud se vrátil do Sparty a napsal nejúspěšnější etapu své kariéry. V letenském klubu stihl celkem 68 startů, vstřelil tři branky. V letech 2003 a 2005 se Spartou slavil mistrovský titul.
V roce 2006 Pavel Pergl odešel na první zahraniční štaci do Drážďan, následně oblékal dres anglického Prestonu, Larnaky, Hapoelu Beer Ševa, Hapoelu Ramat Gan, Bellinzony a Vaduzu. Vrcholovou kariéru končil roku 2015 ve švýcarském klubu FC Locarno. Udělal si fitness kurz a chtěl se i nadále věnovat fotbalu.
S přítelkyní měl Pavel Pergl dceru (narozena 2017).
Pavel Pergl se na 1. máje 2018 večer oběsil v německém Magdeburgu. Dohnaly jej k tomu zřejmě spory s přítelkyní, s níž v Německu žil.