Absolvovala Taneční konzervatoř v Praze, a to roku 1956. Dva roky nato Zdenka Kratochvílová stála u zrodu Fialkovy Pantomimy Na zábradlí, kde za bezmála dvacet let vytvořila řadu lyrických, komických i klaunských rolí.
Na mnoha projektech se Zdenka Kratochvílová podílela coby choreografka, a to jak doma, tak v zahraničí. V Divadle hudby pro dětské obecenstvo vytvořila postavičku němého klauna Animuka, který se stal velmi oblíbeným. S ním měla úspěch i na zájezdech mj. ve Finsku, SSSR nebo v Anglii.
Roku 1974 se Zdenka Kratochvílová stala pedagožkou hudebně dramatického oddělení Pražské konzervatoře.
Počátkem října 2019 Zdenka Kratochvílová obdržela Cenu Thálie za celoživotní mistrovství v oblasti balet.