Vystudoval molekulární biologii a genetiku na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy v Praze a na Přírodovědecké fakultě Jihočeské univerzity. Jiří Černý získal ocenění mj. za nejlepší diplomovou práci.
Poté se Jiří Černý podílel na výzkumu na Univerzitě Yale v New Havenu v americkém státě Connecticut.
Po návratu do Čech se Jiří Černý v roce 2020 stal vedoucím týmu na Fakultě tropického zemědělství České zemědělské univerzity. Jedná se o skupinu s názvem e4 research group, zabývající se ekologií, evolucí, emergencí a epidemiologií zoonóz a epizootických nemocí.
Téhož roku Jiří Černý společně s kolegy založil Centrum infekčních nemocí zvířat (CINeZ), mezifakultní výzkumné centrum na České zemědělské univerzitě v Praze, které sdružuje laboratoře studující původce infekčních nemocí zvířat a zabývá se problematikou předcházení těmto onemocněním.
Koordinátor CINeZ Jiří Černý je autorem či spoluautorem řady článků, které vycházejí zejména v zahraničních odborných periodikách.
Mezi koníčky Jiřího Černého kromě rodiny patří sport, turistika, horolezectví a šerm.
Jiří Černý je ženatý a má dceru a syna.