Narodil se sice v kolumbijské Bogotě, ale od tří let vyrůstal v newyorském Queensu. John Leguizamo navštěvoval Actors' Studio a hrál v The Public Theater.
Na filmovém plátně John Leguizamo debutoval v roce 1995 ve francouzském akčním dramatu Cocaïne (Mixed Blood). Rok nato se poprvé objevil v seriálu Miami Vice. Jednu z klíčových postav dostal v akčním sci-fi Super Mario Bros. (1993).
Úspěch John Leguizamo měl díky rolím ve filmech, jako jsou Carlitova cesta, Moulin Rouge!, To Wong Foo, Thanks for Everything! Julie Newmar, American Ultra, 11:55 Holyoke, The Crash, The Night Clerk či Tin Soldier.
Za vedlejší roli v komedii To Wong Foo, Thanks for Everything! Julie Newmar byl John Leguizamo v roce 1996 nominován na Zlatý glóbus.
John Leguizamo hrál v řadě seriálů. Jmenujme např. Bloodline, Waco, When They See Us (Když nás vidí) nebo The Power (Napětí). Za svůj výkon v When They See Us byl v roce 2020 nominován na Critics Choice Awards.
Kromě herectví se John Leguizamo věnuje také psaní. Hrál v několika svých one-man show, včetně Freak, Sexaholix a Latin History for Morons, která zkoumá historii latinskoamerických lidí v Americe.
Za svou práci John Leguizamo získal několik ocenění, např. cenu Emmy za výkon v televizním pořadu House of Buggin a Drama Desk Award za one-man show Freak.
V letech 1994 až 1996 byla manželkou Johna Leguizama herečka Yelba Osorio. Podruhé se ženil v roce 2003 s Justinou Maurer, s níž má syna a dceru.