Vystudoval keramickou školu v Bechyni. Bavilo ho sochařství a výtvarné umění. Nadšený byl ale Jan Kačer do divadla. Režii na pražské DAMU dokončil v roce 1960. Své první zkušenosti získal v Divadle ABC.
Kariéru Jan Kačer rozjel ale až v Ostravě. V Divadle Petra Bezruče tvořil jedno představením za druhým. Pokyny hercům dával např. v Tramvaji do stanice Touha, v Romeu a Julii nebo v Poprasku na laguně.
V roce 1965 herec a režisér Jan Kačer založil pražský Činoherní klub. Zrežíroval v něm Gogolova Revizora, Višňový sad nebo Děti slunce od ruského dramatika Maxima Gorkého.
O deset let později Jan Kačer musel své divadelní dítě opustit a vrátit se do Ostravy. Režimu se nelíbily jeho svobodomyslné postoje. Později režíroval a hrál i v Divadle na Vinohradech nebo v Národním divadle v Praze. Své umění vyvezl i do norského Národního divadla v Oslu.
Ve filmu Smrt si říká Engelchen Jan Kačer ztvárnil svou první hlavní roli. Zahrál si i v Údolí včel, v Romanettu, ve Vlčí boudě, v krimi komedii Krásno nebo v tragikomedii Chata na prodej. Na televizní obrazovce se proslavil díky seriálům Rodinná pouta, Velmi křehké vztahy a Ordinace v růžové zahradě.
Angažoval se také v politice. Za Občanské fórum Jan Kačer zasedl v roce 1990 do Federálního shromáždění. Pozdější kandidatura do Senátu mu ale nevyšla. V roce 1998 dostal od prezidenta Václava Havla Medaili Za zásluhy v oblasti kultury.
V roce 1962 se Jan Kačer oženil s herečkou Ninou Divíškovou. Narodily se jim tři dcery. Jejich vnučka Josefína Šumová se dostala do semifinále České Miss.
Manželka Jana Kačera navždy opustila 21. června 2021. Nina Divíšková zemřela v 84 letech.
Herec a režisér Jan Kačer zemřel 24. května 2024. Bylo mu 87 let.