Varhany a dirigování Zdeněk Merta vystudoval na Státní konzervatoři v Praze. Vzdělání si rozšířil na Hudební fakultě Akademie múzických umění. Na zkušenou jel do Británie nebo do Spojených států.
Jako klávesista nastoupil Zdeněk Merta v roce 1970 do Divadla Semafor. Kapelu Kardinálové vedl o dvě sezóny později. Výrazněji na sebe upozornil Hastrmanem tatrmanem v podání zpěváka Ronyho Martona. Hudbu skládal pro Hanu Hegerovou, Evu Pilarovou nebo Petru Janů. Se skupinou Kardinálové doprovázel Petru Černockou.
Kromě dvou baletů Zdeněk Merta napsal muzikály Sny noci svatojánské, Bastard nebo Peklo. Za Babylon a Svět plný andělů byl nominován na Cenu Alfréda Radoka. V Městském divadle Brno pak odhalil šansonovou Nahou múzu.
Hudbou doplňuje i představení Casanova režiséra Juraje Jakubiska. Operu Zdeňka Merty La Roulette uvedla Státní opera v Praze. V ruském Petrohradě byla uvedena jeho skladba Via Lucis i symfonie Saint Petersburg. Krom toho se dal na pedagogiku - začal učit skladbu na Státní konzervatoři.
S manželkou Zorou Jandovou Zdeněk Merta produkoval projekt písniček a knihu pro děti Ryba z Havaje. Vzali se v roce 1988. Mají dcery Viktorii a Ester.