Fotbalové začátky prožil v Třeboni a Českých Budějovicích. Přes Viktorku Žižkov přešel do pražské Slavie, s níž vyhrál prvoligový pohár. Zároveň posílil v roce 1996 národní tým na mistrovství Evropy, který podlehl jen proti finálovému Německu. O rok později vyhrál anglickou Premier League s Manchesterem, do něhož přestoupil za necelých 144 milionů korun. V Portugalsku ho vyhlásili nejlepším cizincem mužstva. Do Lazia doporučil Poborského Pavel Nedvěd. Po návratu do české ligy dopomohl Spartě k zisku dvou prvoligových titulů a k jednomu v Poháru. Kvůli neshodám s trenérem Jaroslavem Hřebíkem přešel ke konci kariéry do Českých Budějovic.
Na mistrovství Evropy 2004 získal Poborský spolu s reprezentační jedenáctkou bronzové medaile a stal se nejlepším nahrávačem turnaje. Za národní barvy odehrál 118 zápasů, a drží tak rekord v počtu startů. V roce 2007 se s reprezentací rozloučil. Zasedl do křesla předsedy představenstva klubu Dynamo České Budějovice. V roce 2009 se stal členem výkonného výboru Českomoravského fotbalového svazu a o dva roky později předsedou České asociace fotbalových hráčů.
Jedenkrát zvítězil v anketě Fotbalista roku, třikrát si odnesl titul Osobnost ligy. S manželkou Marcelou Poborskou podniká s realitami a v pohostinství. Mají syna Patrika a dceru Kláru. Podle médií svou ženu Poborský opustil a žije s milenkou Andreou Tomšů.