Jan Hájek začal hrát amatérské divadlo už na gymnáziu. Na Jiráskově Hronově se seznámil s režisérem Sergejem Fedotovem, který mu umožnil asistovat na svých zkouškách Mistra a Markétky v hradeckém Klicperově divadle, kde se mu naskytla příležitost záskoku v této hře.
V roce 2001 začal Jan Hájek studovat herectví na JAMU v Brně. Školu ale po čtyřech semestrech opustil.Začal působit v Divadle Polárka, kde zaujal režiséra Juraje Deáka, který ho obsadil do titulní role ve své inscenaci Hamlet v Národním divadle moravskoslezském v Ostravě. Jan Hájek zde v roce 2002 získal stálé angažmá a ztělesnil role v řadě her (Caligula, Hadrián z Římsů, Žebrácká opera, Královna Margot, Mein Kampf Sladký život, Zločin a trest).
V roce 2006 Jan Hájek získal Cenu Thálie v kategorii Talent roku. Tím se mu otevřela cesta do Národního divadla v Praze (Mimořádné události, Sluha dvou pánů, Revizor, Babička, Don Juan, Zkrocení zlé ženy). Pozván byl i k hostování v Činoherním klubu či Divadle na zábradlí.
Jan Hájek se před kamerou poprvé objevil v roce 2008 v seriálu Kriminálka Anděl. A další role na sebe nenechaly dlouho čekat, jak seriálové (Proč bychom se netopili, Škoda lásky, Nevinné lži, České století, Vraždy v kruhu, Ordinace v růžové zahradě 2), tak filmové.
V režii Vojtěcha Kotka si Jan Hájek zahrál v komedii Padesátky nebo v březnu 2016 několika Českými lvy oceněném dramatu Jana Prušinovkého Kobry a užovky po boku hlavních hrdinů v podání bratrů Matěje Hádka a Kryštofa Hádka.