Když bylo Madgaléně Sidonové třináct let, její otec Karol Sidon emigroval do západního Německa. Vzal s sebou například herečku Halku Třešňákovou, kterou měla jeho druhá žena s Vlastimilem Třešňákem. K divadlu přivedla Magdalénu Sidonovou její babička, bavilo ji to natolik, že začala hrát ochotnicky. Amatérský soubor Příšerné děti vedla pozdější ředitelka Divadla Na zábradlí a pedagožka Doubravka Svobodová.
Magdaléna Sidonová vystudovala herectví na DAMU. Krátce hrála v Liberci v Šaldově divadle, od roku 1993 je její scénou Divadlo Na zábradlí, tak spjaté s Václavem Havlem. Zaskvěla se třeba v Rackovi Antona Pavloviče Čechova, spolupracuje s režiséry Davidem Czesanym či Jurajem Nvotou.
Ač Magdaléna Sidonová dává přednost činohře, stává i před kamerou. A to nejen v reklamách. Hrála ve snímcích Hanele, Babí léto, Na rozchodnou či Občanský průkaz. Nechyběla v seriálech Kriminálka Anděl, Nevinné lži, Život a doba soudce A.K. či Zázraky života.
Magdaléna Sidonová má tři děti, syna Nathana a dcery Josefu a Rebeku. Mimo hraní ráda maluje.