V sedmi letech začal Jakub Janatka tancovat ve Státní opeře. Několikrát se zúčastnil Letní herecké školy, kde si kumšt oblíbil. Před kamerou poprvé stál ve studentských filmech FAMU. Vystupoval v reklamách, např. na jeden kosmetický přípravek pro muže. V roce 2013 se na stříbrném plátně mihl v komedii Jana Nováka Kameňák 4 (2013), volném pokračování úspěšné trilogie režiséra Zdeňka Trošky s Václavem Vydrou v hlavní roli.
Do povědomí televizních diváků se Jakub Janatka dostal rolí frajírka Dominika Tomana v seriálu TV Nova Ulice. Zahrál si také v úspěšném retro seriálu z produkce České televize Vyprávěj. Svou první hlavní roli dostal v psychologickém dramatu Jiřího Houšky a Jana Zbořila Zemřít šťastný (2017), v němž se na place potkal mj. s Janem Antonínem Duchoslavem, Mahulenou Bočanovou, Ondřejem Havelkou či Davidem Matáskem.
Režijním debutem Jakuba Janatky se stal publicistický pořad NETuse (2016). V této televizní talk-show kromě něj účinkovali herec Jindřich Žampa, zpěvák Ben Cristovao, režisér Jakub Kohák či youtubeři Johny Machette a Pavel Callta.