V Divadle Járy Cimrmana Václav Kotek začínal jako kulisák. Posléze také hrál v některých představeních a především byl manažerem divadla.
Václav Kotek ztvárnil mj. pocestného v pohádce Dlouhý, Široký a Krátkozraký, stevarda ve hře Vražda v salonním coupé nebo Bobše v představení Němý Bobeš.
Kromě záznamů divadelních představení se Václav Kotek objevil mj. v komedii Ladislava Smoljaka, Zdeňka Svěráka a Zdeňka Podskalského Kulový blesk (1978) s Rudolfem Hrušínským v hlavní roli.
Roku 2007 Václav Kotek vedl výpravu do ruského pohoří Altaj, která tam vystoupala na do té doby bezejmennou horu dosahující nadmořské výšky 3610 metrů. Dobytému vrcholu dali jméno Hora Járy Cimrmana.
Syn Václava Kotka je herec a režisér Vojtěch Kotek.
Václav Kotek zemřel 25. července 2019. Bylo mu 66 let.