Absolvoval Katedru režie na FAMU. Bakalářský film Michala Hogenauera Děti sledující noční vlaky (2008) byl v roce 2009 promítán na festivalu Premiere Plans. Diplomový snímek Tambylles (2012) měl premiéru v sekci Cinéfondation na festivalu v Cannes.
V roce 2015 Michal Hogenauer spoluzaložil filmovou edukační platformu Cinergy Prague. V letech 2017 až 2019 zastával post uměleckého ředitele MFF Praha - Febiofest.
Režisér Michal Hogenauer je držitelem The Bronze Pyramid Award for Best First or Second Work a nominován byl na Naguib Mahfouz Prize for Best Screenplay a The Silver Pyramid for Best Director.
Hned za svůj celovečerní debut Tiché doteky (2019) byl Michal Hogenauer v roce 2020 nominován na Českého lva v kategorii Nejlepší režie. Podílel se i na jeho scénáři. Film získal celkem čtyři nominace.