Absolvovala dvojjazyčné francouzsko-české Gymnázium Pierra de Coubertina v Táboře. Ve studiu francouzštiny Jana Kotalíková, rozená Havelková, pokračovala na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy a současně též získala bakalářský titul v oboru mezinárodní teritoriální studia na Fakultě sociálních věd UK.
Již při studiích vyučovala francouzštinu a angličtinu a začala pracovat na Magistrátu hlavního města Prahy. Zde Jana Kotalíková působila jako asistentka ředitele kanceláře primátora a následně, tedy v letech 2008 až 2014, řídila oddělení protokolu pražského primátora.
Organizovala přijetí papeže Benedikta XVI. v Praze, dalajlamy nebo prince Charlese, nynějšího krále Karla III. Jana Kotalíková se též věnovala školení a kurzům etikety.
Po zvolení Petra Fialy předsedou ODS, Jana Kotalíková v roce 2014 přijala nabídku stát se tiskovou mluvčí strany. Po mateřské dovolené se do strany vrátila jako tajemnice volebního štábu. V polovině prosince 2021 se stala vedoucí Úřadu vlády ČR.
Jana Kotalíková je vdaná a má dceru Rózu.