Už jako malá Markéta Fišerová projevila jak pěvecké, tak pohybové nadání. Uměleckému oboru se ale v té tobě věnovat nechtěla. Ke studiu na Státní konzervatoři nastoupila jen na přání rodiny. V roce 1981 dokončila studium oboru hudebně-dramatického.
Debutovala ve filmu Řeknem si to příští léto v roce 1977, v němž tvořila s Ondřejem Havelkou ústřední pár. Po dokončení studií získala Markéta Fišerová angažmá v divadle Jaroslava Průchy v Kladně. Zde působila pět let. Kromě toho hostovala v Divadle Jiřího Wolkera a v Městských divadlech pražských.
Už za studií se Markéta Fišerová seznámila s Markem Ebenem, kterého si roku 1982 vzala. Společně hráli v několika hrách a vytvořili pár v televizním filmu Tvář za oknem. Natočili spolu i písničky pro děti.
Slávu Markétě Fišerové přinesly zejména role v seriálech My všichni školou povinní a Třetí patro. Naposledy se objevila v damatu režiséra Karla Smyczka Krajina s nábytkem z roku 1986.
Právě roku 1986 Markétu Fišerovou postilhla mozková mrtvice. Dlouhou dobu to vypadalo, že nepřežije. Nakonec přežila, ale do konce života bude upoutána na invalidní vozík.
Ještě před mrtvicí a ochrnutím se Markétě Fišerové a Marku Ebenovi předčasně narodila dcera Tereza, která nedlouho po příchodu na svět zemřela.
Společně s manželem se Markéta Fišerová občas objevuje na společenských akcích.