V roce 1991, kdy provedl první transplantaci srdce, se Jan Pirk stal přednostou Kliniky kardiovaskulární chirurgie IKEM, o čtyři roky později pak i přednostou celého Kardiocentra IKEM.
V roce 2012 Jan Pirk stál v čele týmu, který voperoval pacientovi místo srdce dvě čerpadla. Ta jej udržovala při životě po dobu několika měsíců, bohužel se nenašel vhodný dárce nového orgánu. Operace ale posunula světovou medicínu a znovu českou kardiologii zvýraznila na světové mapě.
Nové srdce Jan Pirk úspěšně voperoval mj. svému kolegovi z motolské nemocnice Milanu Šamánkovi, zakladateli proslulé dětské kardiologie. Mezi jeho pacienty patří také např. režisér Juraj Jakubisko.
V roce 2012 se Jan Pirk pustil i do politiky a stal se předsedou volebního výboru prezidentského kandidáta Jana Fischera. Poněkud hořký závěr spolupráce při kampani jej poučil, že v politice se hraje jinak, než u operačního sálu a z politického kolbiště se poté stáhl.
Do senátních voleb 2022 Jana Pirka jako nestraníka vyslala TOP 09 v rámci koalice SPOLU (ODS, KDU-ČSL a TOP 09) v obvodu č. 22 - Praha 10. Z velkým náskokem postoupil do druhého kola, v němž zvítězil.
Pro svou náročnou operatérskou činnost musí být Jan Pirk v top fyzické kondici. Tu si udržuje hlavně během. Je pravidelný účastník Běchovického běhu a Velká Kunratické. Navíc zvládá i maratony.
Dále mezi záliby Jana Pirka patří historická vozidla, vlastní několik Velorexů.
Jan Pirk, kterému se přezdívá Český Paul Newman, pochází z lékařské rodiny - medicíně se věnoval jeho otec i praotec.
Během studia medicíny se Jan Pirk oženil. S manželkou Blankou má dva syny. Je již také několikanásobným dědečkem.