Stejně jako jeho deblkanoistický parťák začínal s kanoistikou v rodném Brandýse nad Labem. Parťákem Ondřeje Štěpánka byl Jaroslav Volf. Své kariéry již oba ukončili. Ale úspěchy slavili. V roce 2004 se stali mistry Evropy a vyjeli si bronzovou medili na LOH v Atenách. O rok později obhájili titul mistrů Evropy. V roce 2006 se Štěpánek s Volfem stali dokonce mistři světa v deblkanoi. Na olympijských hrách v Pekingu 2008 získali stříbrnou medaili. V roce 2010 získali na evropském šampionátu stříbro, ale na MS skončili už v kvalifikaci.
Ondřej Štěpánek stejně jako jako kolega ukončil kariéru po MS v Praze 2013 a nyní je trenérem mládáže.
Má manželku Vandu Štěpánkovou, která se taktéž věnuje kanoistice. Spolu mají dceru Julii a syna Matouše.