Magdalena Kožená pochází z jižní Moravy. Oba její rodiče se narodili v Čechách, ona se však považuje za „čistokrevnou Moravanku“. V současné době žije s manželem i se svými třemi dětmi v Berlíně.
Se zpěvem začínala v dětském sboru Kantiléna pod vedením Ivana Sedláčka. Původně chtěla být pianistkou, ale poté, co si ve dvanácti letech zlomila obě ruce, se rozhodla pro pěveckou kariéru. Na brněnské konzervatoři studovala zpěv u Něvy Megové a klavír u Jiřího Peši, poté pokračovala v dalším studiu zpěvu u Evy Blahové na Vysoké škole múzických umění v Bratislavě. Magdalena Kožená se poprvé vdala v roce 2002 za francouzského barytonistu Vincenta le Texier.
V roce 2004 se v Berlíně seznámila s dirigentem Simonem Rattlem. Jejich svatba se konala v říjnu 2008 v jejím rodném městě Brně. Jelikož byl její manžel již v roce 1994 povýšen na rytíře, přísluší Magdaleně Kožené zdvořilostní oslovení Lady Rattle. Magdalena Kožená má tři děti - syna Jonáše, druhého syna Miloše a dceru Anežku. Ovládá sedm jazyků, mimo jiné angličtinu, francouzštinu a němčinu. Se svými dvěma syny a dcerou ale hovoří výlučně česky.
Magdalena Kožená pravidelně účinkuje na známých a prestižních operních jevištích po celém světě. Její neobyčejně úspěšnou kariéru odstartovala v roce 1995 Mozartova hudební soutěž v rakouském Salcburku, kde se stala její absolutní vítězkou. Určitou dobu žila v Paříži a věnovala se interpretaci francouzské operní tvorby. V roce 2003 se stala rytířkou Řádu umění a literatury Francouzské republiky neboli Chevalier des Arts et Lettres. Mezi vrcholy její umělecké kariéry bezesporu patří vystupování v newyorské Metropolitní opeře, kde debutovala v roce 2003. Věnuje se převážně interpretaci staré barokní a klasicistní hudby, nevyhýbá se však ani hudbě soudobé či autorům romantickým.