Po vystudování brněnské konzervatoře dal Marek Holý před studiem JAMU přednost angažmá v Národním divadle moravskoslezském v Ostravě. Posléze přesídlil do Prahy. Několik let působil v Divadle Na Fidlovačce, kde hrál především v muzikálech, dále pak v Divadle Brodway a Divadle Hybernia.
V roce 2012 se Marek Holý stal členem souboru Divadla na Vinohradech, na jehož scéně jej diváci mohli vidět v představeních Les, Balada pro banditu, Když ptáčka lapají…, Piknik, Romeo a Julie, Loupežník Amadeus a mnoha dalších.
Marek Holý je držitelem Thálie 2013 za mimořádný jevištní výkon – Opereta, muzikál a ostatní hudebně-dramatické žánry. Cenu obdržel za titulní roli v muzikálu Zorro, který uvedlo Divadlo Hybernia. Stal se též velmi vyhledávaným dabérem. Postavy, jimž propůjčil hlas, se dají počítat na stovky.
Na televizní obrazovce Marek Holý debutoval roku 1992, a to hned ve dvou kriminálních filmech: Případ s černým vzadu a Tvář za sklem. V televizi se předvedl také v pohádkách (Sedmero krkavců či Kočičí princezna) a seriálech (Proč bychom se netopili, Kriminálka Anděl nebo Labyrint). Šlo ale jen o vedlejší a epizodní role.
Jedné z ústředních postav se Marek Holý dočkal v komediálním krimiseriálu České televize Četníci z Luhačovic (2017). Zde v několika epizodách ztvárnil homosexuálního seržanta, jemuž velitele zpodobnil Pavel Zedníček. V této funkci se před ním vystřídali Robert Jašków, Karel Dobrý a Jiří Langmajer. Hlavní postavy série, zasazené do doby po 1. světové válce, si kromě Pavla Zedníčka zahráli Martin Donutil a Robert Hájek.