Po absolvování katedry kamery na FAMU Jan Malíř působil v Československé televizi a v Krátkém filmu Praha, kde spolupracoval s předními dokumentaristy, jako je např. Helena Třeštíková. Spolurežíroval dokument k 20. výročí kapely Olympic Křižovatky. Za dokument Jiří Stivín získal Zvláštní cenu v kategorii Jazzová a současná hudba na festivale MIDEM v Cannes 1994.
JAN MALÍŘ - JAK DRSNĚ OPUSTIL MARTU VANČUROVOU
Točil s hvězdami české režie, jako jsou Věra Chytilová, a to na snímcích Faunovo velmi pozdní odpoledne (1983) a Šašek a královna (1987), nebo Vít Omler (komedie Ta naše písnička česká II či Tankový prapor). Jiří Malíř spolupracoval s Karlem Smyczkem a Michaelem Kocábem na jejich muzikálu Pražákům, těm je hej (1990).
Jan Malíř se stal dvorním kameramanem režiséra Jana Hřebejka. Poprvé se potkali při práci na muzikálu Šakalí léta (1993). Mezi jejich další úspěšné společné počiny patří filmy Učitel tance, Pelíšky, Musíme si pomáhat, Pupendo, Horem pádem, Kráska v nesnázích, Medvídek, U mě dobrý či Nestyda.
Za válečné komediální drama s Bolkem Polívkou v hlavní roli Musíme si pomáhat, k níž scénář jako k mnoha dalším napsal Petr Jarchovský, získal Jan Malíř roku 2000 Cenu za vynikající dílo od Asociace českých kameramanů a Cenu za výtvarný počin na Novoměstském hrnci smíchu 2000. Snímek byl nominován na Oscara.
Za kamerou Jiří Malíř stál při natáčení Odcházení (2011) exprezidenta Václava Havla, který se ujal režie. Na svém kontě má Jiří Malíř také úspěšné pohádky, jako jsou Lotrando a Zubejda Zdeňka Svěráka či Johančino tajemství Juraje Nvoty. Dále také režíruje reklamy či klipy a pravidelně spolupracuje na zahraničních filmech točených v Česku. V letech 1985 až 2000 vyučoval na FAMU.
Čtvrt století byla partnerkou Jiřího Malíře herečka Marta Vančurová, s níž má syna Jana. Další delší vztah měl s německou filmovou režisérkou Ursulou König, s níž se oženil již roku 1996.
V roce 2016 se Jiří Malíř dal dohromady s o 35 let mladší režisérkou Olgou Špátovou, dcerou dokumentaristky a spisovatelky Olgy Sommerové. V květnu 2017 se jim narodila dcera Olga. Vzali se v létě 2019.