Vystudoval hru na violoncello a na klarinet. V roce 1971 Jan Neckář založil společně s Otakarem Petřinou poprockovou skupinu Bacily. Tři roky nato se stal jejím leadrem.
JAN NECKÁŘ BYL S BRATREM OKRADEN
Pro svého staršího bratra Václava Neckáře Jan Neckář složil hudbu k řadě písní. Jsou to např. Balada o čase, Balada z parku, Dokonalá žena, Dotazník, Dr. dam di dam, Celý svět se mnou tu je, Jsem, Kdo to vzdává, Klaun a tanečnice, Na to mi nezbyl čas, Óda na koně, Se svou Mášou, Zpívej si se mnou nebo Žít jako ve vatě. Občas komponoval také pro jiné interprety.
V roce 1991 Jan Neckář založil vydavatelství NE a NE Records, která se věnuje především reedicím. Stal se manažerem svého bratra, s nímž též koncertuje.