Tomáš Halík se narodil 1. června 1948 v Praze do vzdělané rodiny. V roce 1966 odmaturoval v pražské Michli a ten samý rok byl i u prvního přijímání i u první zpovědi. O rok později byl biřmován. 1966 až 1971 studoval sociologii a filosofii na Karlově Univerzitě, byl žákem i slavného českého filosofa Jana Patočky. Později studoval filosofii náboženství, a to v Londýně. V roce 1977 byl vysvěcen na jáhna a další rok na kněze.
Po Sametové revoluci se stal prezidentem České křesťanské akademie a rektorem kostela Nejsvětějšího Salvátora v Praze. V tomto kostele občas pořádá společné modlitby pro křesťany, buddhisty i muslimy. Proto občas bývá vnímán poněkud kontroverzně a kvůli tomu klesla jeho oblíbenost u konzervativnější části katolické církve.
Jako pedagog Tomáš Halík přednáší na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy i na Katolické teologické fakultě Univerzity Karlovy, tu však musel kvůli sporům s vedením opustit. Tomáš Halík je nositelem řady doktorátů prestižních univerzit, českých i zahraničních.
Pracuje i jako sociolog a psycholog – to se projevuje i v jeho publikační činnosti, vydal přes 20 titulů, právě se sociálními a náboženskými tématy. Například o islámu měl spor s českým primasem Dominikem Dukou.
Spory s Tomášem Halíkem však mělo i více významných českých postav, mezi nejznámější patří například Václav Klaus. Václav Klaus dokonce prohlásil, že pokud bude Tomáš Halík kandidovat na prezidenta, bude snad muset kandidovat i on sám.
Tomáš Halík ovšem svoji kandidaturu odmítl s odůvodněním, že v tomto státě s takovýmito občany se s jinými politiky, kteří budou také kandidovat, především pak s prezidentem Milošem Zemanem, nechce ve volbách měřit.
Tomáš Halík je bezdětný a dodržuje celibát.