V letech 2001 až 2004 Jan Kubáček šéfoval sdružení POLIS (Politologické uskupení studentů politických věd, i-Polis), jehož se stal roku 2004 čestným předsedou.
JAN KUBÁČEK V EPICENTRU O NOVÉ VLÁDĚ
Od listopadu 2010 do konce roku 2011 byl Jan Kubáček šéfem poradců ministra vnitra, vicepremiéra a tehdejšího předsedy strany Věci veřejné Radka Johna.
Roku 2012 Jan Kubáček začal působit v konzultační kanceláři PR&MEDIA PARTNERS, která se věnuje analýze legislativy, poradenství a publikační činnosti. Konzultuje a přednáší v ČR i v cizině.
Před parlamentními volbami 2013 Jan Kubáček vedl odborný politologicko-sociologický tým, který pro Radu pro rozhlasové a televizní vysílání posuzoval volební model využívaný Českou televizí a Českým rozhlasem pro zvaní hostů do předvolebních pořadů.
Je autorem řady publikací. Za monografii věnovanou politickému managementu a volební komunikaci Slovník politického managementu a volebního marketingu Jan Kubáček obdržel Cenu poroty za výkladový slovník roku 2013.
Dále se Jan Kubáček podílel mj. na publikaci Marketingová komunikace a Public Relations: výklad pojmů a teorie oboru (2015).
Spolupracuje s českými i zahraničními sdělovacími prostředky a mediálními domy, např. s Czech News Center, Le Monde či Reuters. Jan Kubáček se také věnuje pedagogické činnosti.