V televizi Filip Čapka začal skutečně netradičně, a to hned hlavní rolí v rodinném snímku Správná trefa (1987), kde se na place setkal se Svatoplukem Skopalem a Miroslavem Donutilem. Další ústřední postava na něj čekala v pohádce Nevěsta s velkýma nohama (2002). Série hlavních rolí pokračovala česko-finským dramatem Restart (2005).
Talentovaný Filip Čapka hrál v řadě televizních inscenací (10 způsobů lásky, Skrývačky, Villa Faber) a seriálů (Cirkus Bukowsky, Poslední sezóna, Kriminálka Anděl, Cesty domů, Ententýky, Nevinné lži, Bohéma, Vzteklina, Kukačky).
Často je Filip Čapka obsazován i do filmů. Jmenujme Román pro muže, Mamas & Papas, kde si zahrál po boku své manželky Zuzany Čapkové, Hořící keř, Gangsteru Ka, Gangsteru Ka: Afričan či komedii Ostravak Ostravski.
Filip Čapka pochází z rozvětvené herecké rodiny. Už dědeček byl ochotníkem a obě babičky se rovněž věnovaly divadlu. I za manželku si Filip Čapka vzal herečku Zuzanu, rozenou Kyselovou.
Po absolvování JAMU Filip Čapka nastoupil do olomouckého divadla. Zlomem v kariéře se pro něj stala alternace Jiřího Langmajera v roli Edgara v Králi Learovi na Letních shakespearovských slavnostech v Praze. Hlavní město už neopustil: na čas spojil svou dráhu s Divadlem Bez zábradlí, na jehož pódiu si zahrál mimo jiné i v muzikálu Cikáni jdou do nebe roli Buči, za niž získal v roce 2004 Thálii.
Po několika hostováních na pražských scénách Filip Čapka zakotvil v roce 2010 ve stálém angažmá ve Švandově divadle na Smíchově. Posléze se stal členem Činohry Národního divadla. Představil se také na jiných scénách: Divadlo v Dlouhé, Divadlo v Řeznické či Státní opera.
S manželkou Zuzanou má Filip Čapka dceru Annu Ester.