Po absolvování ekonomiky a managementu na Jihočeské univerzitě v Českých Budějovicích Jan Skopeček vystudoval hospodářskou politiku na Národohospodářské fakultě VŠE v Praze. Zde začal působit jako vysokoškolský pedagog.
Již na VŠE Jan Skopeček navštěvoval přednášky tehdejšího prezidenta Václava Klause, který ho od roku 2006 zaměstnal jako svého poradce. V roce 2009 se stal výkonným ředitelem think tanku Centrum pro ekonomiku a politiku.
V politice Jan Skopeček získával zkušenosti na komunální a zejména regionální úrovni. Roku 2004 byl zvolen zastupitelem Středočeského kraje. Posléze bodoval i jako zastupitel a radní Hořovic.
V prosinci 2013 získal post předsedy ODS Středočeského kraje. V polovině března 2017 se Jan Skopeček stal poslancem. Nahradil spolustraníka Adolfa Beznosku, který odešel do vedení Nejvyššího kontrolního úřadu. V parlamentních volbách 2017 Jan Skopeček obhájil křeslo ve Sněmovně.
Do voleb 2021 Jan Skopeček vkročil coby lídr kandidátky koalice SPOLU (KDU-ČSL, ODS a TOP 09) ve Středočeském kraji. Křeslo v dolní komoře si udržel.
Jan Skopeček je liberálním ekonomem hájícím svobodu jednotlivce a tržní ekonomiku před všeobjímajícím a všeregulujícím státem. V hodnotových otázkách zastává konzervativní postoje.
Mezi záliby Jana Skopečka patří cyklistika a lyžování, literatura, hudba a cestování.
Politik Jan Skopeček je ženatý. V srpnu 2018 mu manželka Lucie porodila syna Jana. Společně vychovávají ještě dceru Terezu.