Vyučil se automechanikem. Poté, co si Marek Šimon na večerním gymnázium dodělal maturitu, začal studovat Strojní fakultu ČVUT, kterou však nedokončil. Pak pracoval v ČKD, nejdříve byl plánovačem, později jedním z topičů.
Do Divadla Járy Cimrmana Marek Šimon chodil často a rád. V roce 1984 tam začal dělat kulisáka a postupně přešel do hereckého souboru. Objevil se např. v přestaveních Záskok, Afrika, České nebe nebo Dobití severního pólu.
Před Sametovou revolucí seděl ve věznici na Borech (v opilosti řekl taxíkáři, že chce unést letadlo), kde se seznámil s Václavem Havlem. Poté jej oslovila StB, aby na tohoto pro totalitní režim velmi obávaného disidenta donášel, což Marek Šimon odmítl.
Na televizní obrazovce debutoval v komedii Ladislava Smoljaka Ať ten kůň mlčí! (1992), a to coby šerifův pomocník. Dělníka si zahrál v jedné z epizod seriálu Horákovi. Na filmovém plátně se Marek Šimon mihl v pohádce Jana a Zdeňka Svěrákových Tři bratři (2014) nebo v jejich tragikomedii Po strništi bos (2017).