Studoval režii na FAMU v ročníku Otakara Vávry. Spolužáky Jana Schmidta byly hvězdy české nové vlny - Miloš Formana, Věra Chytilová, Evald Schorm nebo Jiří Menzel. Tento ročník se stal jedním z nejslavnějších v historii FAMU.
První snímky Jan Schmidt natočil v 60. letech 20. století, např. postapokalyptické sci-fi Konec srpna v hotelu Ozon. Mezi jeho slavná díla patří trilogie historických filmů z období pravěku podle knih Eduarda Štorcha - Volání rodu, Osada Havranů a Na veliké řece s Jiřím Bartoškou v hlavní roli.
Režíroval také film s ikonickým hrdinou českých detektivek, kapitánem Exnerem v podání Jiřího Kodeta, Smrt talentovaného ševce. Jako pomocný režisér se Jan Schmidt podílel na filmu Miloše Formana Amadeus.
V závěru své kariéry Jan Schmidt režíroval mj. pohádku Jak si zasloužit princeznu nebo seriál Stříbrná paruka s Borisem Rösnerem o životě kočovných herců na sklonku 19. století.
Režisér, scenárista a příležitostný herec Jan Schmidt zemřel 29. září 2019. Bylo mu 85 let.