Absolvoval obor provoz a ekonomika na Provozně ekonomické fakultě Vysoké školy zemědělské v Brně. Při zaměstnání Zdeněk Nekula studoval na Spořitelní akademii mj. obory bankovní specialista a bankovní manažer.
Osm let pracoval v České spořitelně na okresní pobočce ve Znojmě a v Brně na pozicích vedoucí oddělení marketingu, vedoucí oddělení obchodní politiky a vedoucí oddělení marketingu a akvizice. Potom Zdeněk Nekula 15 let působil ve společnosti Erste Leasing, která se orientovala zejména na financování zemědělců.
V letech 2015 až 2018 byl Zdeněk Nekula předsedou představenstva Podpůrného a garančního rolnického a lesnického fondu (PGRLF). Do funkce šéfa PGRLF, který rozděluje miliardy korun v rámci podpůrných programů, ho přivedl tehdejší ministr zemědělství Marian Jurečka (KDU-ČSL).
V letech 2015 až 2017 byl Zdeněk Nekula i členem představenstva Výstaviště České Budějovic. Dále zastupoval ministerstvo zemědělství v dozorčí radě Exportní garanční a pojišťovací společnosti.
Od roku 2007 člen KDU-ČSL Zdeněk Nekula po komunálních volbách 2006 získal křeslo starosty obce Těšetice na Znojemsku. Funkci opakovaně obhájil.
Po parlamentních volbách 2021 se Zdeněk Nekula stal adeptem na post ministra zemědělství ve vládě Petra Fialy (ODS). Vzhledem k tomu, že dostal koronavirus, nebyl jako ostatní jmenován 17. prosince, ale stalo se tak počátkem ledna 2022. V červnu 2023 na post rezignoval.
Velkým koníčkem Zdeňka Nekuly je včelaření.
Zdeněk Nekula je ženatý. S manželkou má čtyři děti.