Ondřej Liška vystudoval politologii a religionistiku na Masarykově univerzitě v Brně. Mluví anglicky a německy. Veřejný život ho zajímá dlouhodobě, před svým vstupem do politiky pomáhal zakládat několik občanských sdružení.
Členem Strany zelených se Ondřej Liška stal v roce 2002. Ve stejném roce byl také poprvé zvolen jako zastupitel Brna-Střed. Zastupitelem byl do roku 2005. Zkušenosti s celostátní politikou získal mezi lety 2006-2010, kdy byl poslancem za Stranu zelených. V roce 2007 se stal ministrem školství ve vládě Mirka Topolánka. Na ministerstvu skončil až s pádem vlády na jaře 2009.
V roce 2009 byl zvolen předsedou strany. Tuto pozici v roce 2014 již počtvrté obhájil. V roce 2014 vedl stranu jako lídr kandidátky do voleb do Evropského parlamentu. Neuspěl. Kvůli špatnému výsledku v červnu 2014 na post šéfa strany rezignoval.
Ondřej Liška žije v Praze. Jeho žena je původem z Itálie a mají spolu dvě děti.