Absolvoval právo na Masarykově univerzitě v Brně. Titulu JUDr. Jan Chvojka dosáhl na Univerzitě Karlově v Praze.
JAN CHVOJKA - KAM PŘIŠEL JAKO PRVNÍ?
Poslancem za ČSSD, do níž Jan Chvojka vstoupil roku 2007, se stal ve volbách 2010 a zastupitelem Pardubického kraje v roce 2016. V letech 2014 až 2016 byl i chrudimským zastupitelem, ale po jmenovnání ministrem se mandátu vzdal.
Výrazně na sebe Jan Chvojka upozornil, když v roce 2015 podal stížnost Radě pro rozhlasové a televizní vysílání na přímý přenos z předávání cen ankety Český slavík 2015 na TV Nova. Vadila mu na předávání cen kapela Ortel, která dle něj hlásá xenofobii a antisemitismus. Rada jeho stížnosti nevyhověla. V lednu 2016 zveřejnili hackeři z neonacistického webu White Media soukromé e-maily Jana Chvojky jako pomstu za podanou stížnost.
Po neúspěšných krajských a senátních volbách 2016 se premiér a předseda ČSSD Bohuslav Sobotka rozhodl, že Jan Chvojka nahradí na postu ministra bez portfeje Jiřího Dienstbiera mladšího. Prezident Miloš Zeman jej do funkce jmenoval 30. listopadu 2016, a to s účinností od následujícího dne.
Ministr Jan Chvojka se v únoru 2017 rozhodl ukončit činnost projektu proti nenávisti HateFree Culture, za kterým stál jeho předchůdce Jiří Dienstbier. Ministr kampani nepřímo vytkl nesrozumitelnost pro jiné skupiny, než jsou studenti a intelektuálové.
V parlamentních volbách 2017 se Jan Chvojka stal lídrem sociálních demokratů v Pardubickém kraji a získal křeslo ve Sněmovně. Ve volbách 2021 ČSSD z dolní komory vypadla.
Jan Chvojka je ženatý a má čtyři syny.