V roce 1971 absolvovala Právnickou fakultu Univerzity Karlovy v Praze. Poté až do roku 1991 Marie Benešová pracovala na okresní prokuratuře v Kladně.
V roce 1994 se Marie Benešová stala státní zástupkyní Vrchního státního zastupitelství v Praze. Na funkci po dvou letech rezignovala a otevřela si v Kladně advokátní kancelář.
V lednu 1999 Marie Benešová přijala nabídku tehdejšího ministra spravedlnosti Otakara Motejla stát se nejvyšší státní zástupkyní. Byla jí do září 2005, kdy ji ministr vlády Jiřího Paroubka Pavel Němec odvolal. Poté se vrátila k advokacii.
V roce 2006 Marie Benešová neúspěšně kandidovala za ČSSD v Chomutově do Senátu. Členkou ČSSD byla v letech 2007 až 2013. Do politiky vstoupila v parlamentních volbách 2013, kdy již jako bezpartijní za ČSSD získala poslanecký mandát. Ve Sněmovně setrvala do voleb 2017.
Mezitím se Marie Benešová na několik měsíců (červenec 2013 až leden 2014) stala ministryní spravedlnosti a předsedkyní Legislativní rady vlády Jiřího Rusnoka.
Roku 2013 byla jmenována poradkyní Miloše Zemana, spolu s Vratislavem Mynářem, místopředsedou SPOZ Martinem Nejedlým, Jiřím Rusnokem a Františkem Čubou.
Prezident Miloš Zeman Marii Benešovou 30. dubna 2019 jmenoval ministryní spravedlnosti v druhé vládě Andreje Babiše, a to po Janu Kněžínkovi, který na tento post rezignoval. Proti jejímu jemování v Praze demontrovaly tisíce lidí. Ve vládě setrvala do prosince 2021, kdy nastoupil kabinet Petra Fialy (ODS).
Právnička a politička Marie Benešová je vdaná a má syna.