Po lékařské fakultě Univerzity Karlovy Ondřej Trojan tři roky pracoval v Psychiatrické léčebně Praha. Po atestaci z psychiatrie absolvoval v letech 1985 až 1990 výcvik ve skupinové psychoterapii, posléze mj. nástavbový výcvik v bálintovské supervizi.
V roce 2012 Ondřej Trojan získal „Evropskou“ atestaci FECSM (Fellow of the European Comittee of Sexual Medicine) a roku 2017 obhájil disertační práci v doktorském studiu a dosáhl titulu Ph.D.
Zakladatel TH kliniky Ondřej Trojan se specializuje na terapii sexuálních poruch, psychoterapii sexuálních deviací, párovou sexuální terapii, psychoterapii i farmakoterapii duševních nemocí a poradenství související s těmito terapeutickými oblastmi.
Účastní se oborových kongresů a konferencí doma i v zahraničí. Ondřej Trojan působí jako soudní znalec jak samostatně, tak v rámci Znaleckého institutu pro psychiatrii, sexuologii a klinickou psychologii.
Publikoval řadu odborných článků v domácích i mezinárodních časopisech. Ondřej Trojan je autorem či spoluautorem několika knih odborných a populárních. Jmenujme např. O milování s důvěrou a láskou (2001) nebo Jak mluvit s dětmi o sexu (2009).
V roce 2021 Ondřej Trojan - podobně jako internistka a terapeutka Kateřina Cajthamlová, psychoterapeutky Dominika Čechová, Lenka Hlavičková a Katarína Szabados nebo psychologové Václav Mertin a Michal Miovský - přijal nabídku účastnit se unikátního projektu Psychoporadna Blesku!, odstartovaného rok po začátku koronavirové pandemie.
Ondřej Trojan je rozvedený a má dvě dospělé děti.