S hokejem Jan Marek začínal v rodném městě v dresu HC Vajgar. Posléze odstartoval svou profesionální kariéru v extralize, kde si jej vyhlédl tým HC Oceláři Třinec. Prvního velkého úspěchu v extralize dosáhl v sezóně 2002/2003, kdy se stal nejlepším střelcem nejvyšší hokejové soutěže. Od následující sezóny hrál v dresu pražské Sparty, kde se stal (v roce 2006) nejproduktivnějším hráčem extraligy. Ve stejném roce získal i titul mistra ČR. Jmenujme i jeho další úspěchy: od roku 2002 pravidelně nastupoval za českou hokejovou reprezentaci, s níž získal zlatou medaili na MS 2010 a bronzovou na MS 2011. Na obou medailích se podílel důležitými brankami v klíčových zápasech. Na MS 2010 proměnil rozhodující samostatný nájezd ve čtvrtfinále proti Finsku i v semifinále proti Švédsku. Na MS 2011 pak vstřelil gól Rusku v závěrečném souboji o bronz, kterým pojistil českému týmu medaile.
JAN MAREK – CHTĚL ZPÁTKY NAHORU
Po skončení sezóny 2010/2011 Jan Marek velmi dlouho zvažoval, zda bude pokračovat v Kontinentální hokejové lize, anebo se vrátí do Sparty Praha. S manželkou Lucií totiž očekávali narození prvního potomka, a hokejista chtěl být své rodině nablízku. Nakonec se rozhodl ještě pokračovat v KHL v dresu týmu Lokomotiv Jaroslavl. Zemřel 7. 9. 2011 při letecké havárii u Jaroslavli, když s tímto týmem letěl do Minsku na zápas KHL.
V roce 2012 po něm byla v pražských Dolních Chabrech pojmenována ulice. V dubnu 2013 přejmenovali halu v jeho rodném městě na Zimní stadion Jana Marka. Zároveň byla také odhalena pamětní deska.
Jan Marek byl ženatý. S manželkou Lucií měl syna Jana.