Bořivoj Šarapatka vystudoval Mendelovu univerzitu v Brně, tím ale jeho studia pouze začala. Pokračoval postgraduálním studiem na univerzitě v Olomouci, doktorát získal v Uppsale ve Švédsku. V roce 2005 byl jmenován profesorem krajinného inženýrství na univerzitě v Nitře.
Svou politickou kariéru začal Bořivoj Šarapatka jako zastupitel města Olomouc v letech 2002 - 2006. V roce 2010 byl zvolen poslancem za TOP 09. V říjnu 2013 svůj mandát ale neobhájil. V politice ale zůstává. Od roku 2012 je zastupitelem Olomouckého kraje a předsedou zastupitelského klubu.
Bořivoj Šarapatka působí od roku 1990 na přírodovědecké fakultě Univerzity Palackého v Olomouci. Zde působil na různých pozicích. Roku 2001 se stal vedoucím katedry ekologie a životního prostředí. Tím byl až do svého zvolení poslancem.
Je ženatý, má dva dospělé syny a jednoho vnuka.